虚拟目录是到现存物理目录的一个链接，在服务器上的硬盘上显示。虚拟目录可有多个指定的设置如自定义 ASP.NET 配置，访问权限与使用密码保护。

因为任何虚拟目录可以有自己的设置，包括定制的 ASP.NET 配置，虚拟目录在设置您的 web 应用程序时特别有帮助，尤其是在 ASP.NET 里编写时。例如，如果您有三个 web 应用程序使用 ASP.NET 版本 2.0，而您需安装一个使用 ASP.NET 版本 4.0 的 web 应用程序，那么您可为 ASP.NET 4.0 应用程序创建一个虚拟目录，并为此目录配置 ASP.NET 设置以启用 4.0 版本，然后就可成功安装所需应用程序。

虚拟目录也可以用作别名。例如，您有一个 web 应用程序安装在物理目录” /my_data/web_apps/forum" 里您的域 “example.com” 上。若要访问此 web 应用程序，用户需要输入难记忆又太长的 “example.com/my_data/web_apps/forum" 。您可在您虚拟主机的根里创建叫做 forum 的虚拟目录，并链接此虚拟目录至 “/my_data/web_apps/forum" ，因此想要访问此 web 应用程序的用户将需要输入简短易记的” example.com/forum" 。